Do cạnh tranh gay gắt, Élber không thể dịch mẫu câu lạc bộ của mình sang đội tuyển quốc gia Brazil. Trong năm đầu tiên chơi quốc tế, năm 1998, anh đã ghi được sáu bàn thắng trong nhiều trận đấu, nhưng sẽ chỉ thu thập thêm chín mũ trong ba năm sau đó.

Trong Giải vô địch trẻ thế giới FIFA năm 1991, Élber đã ghi bốn bàn trong sáu trận đấu khi dưới 20 tuổi thua chủ nhà Bồ Đào Nha, trên chấn penalty.[2]